La Iglesia de San Francisco en Comayagua es una iglesia colonial construida en 1560, dedicada a San Francisco de Asís. Es una de las iglesias más antiguas de la ciudad y formaba parte de un convento franciscano en el casco histórico. Destaca por tener la campana "Antonina", considerada la más antigua de América.

Históricamente, fue fundada por el obispo Fray Alonso de la Cerda y sufrió daños importantes por terremotos a principios del siglo XIX, lo que llevó a reconstrucciones significativas, incluyendo una torre de tres cuerpos. Tras la independencia, el convento fue suprimido y más tarde se convirtió en una escuela.

Arquitectónicamente, combina estilos barroco y renacentista colonial, con una fachada renacentista que incluye una puerta con arco de medio punto, un óculo circular y una cornisa decorada. La torre tiene detalles ornamentales con columnas toscanas y nichos con imágenes religiosas. En el interior, el techo es de caoba y tejas, y cuenta con siete retablos barrocos de madera con columnas salomónicas y un altar mayor con acabado en oro.

Actualmente, la iglesia está activa como parroquia y es un importante sitio histórico y turístico en Comayagua.