El Museo Arqueológico Regional de Comayagua, conocido también como Museo de Comayagua, es un museo estatal administrado por el Instituto Hondureño de Antropología e Historia. Se ubica en una casona colonial española del siglo XVI en el centro histórico de la ciudad, que antes funcionó como Casa Presidencial, Congreso Nacional y Corte Suprema cuando Comayagua era capital de Honduras.

Cuenta con 10 salas de exposición permanente que cubren la historia del Valle de Comayagua desde la prehistoria hasta la era republicana. Incluye piezas paleontológicas como huesos de oso perezoso gigante y colmillos de mastodontes, arte rupestre lenca con petroglifos, cerámica policroma, vasijas, jade, metates y estatuillas. También muestra objetos coloniales y republicanos destacados, como la primera imprenta traída por Francisco Morazán en 1828, espuelas y espada de José Trinidad Cabañas, y pinturas del siglo XVIII.

Fundado en 1940 como museo privado, fue restaurado en 1999 y remodelado en 1944. Alberga una biblioteca y auditorio para eventos culturales, y es el único museo mundial dedicado exclusivamente a la cultura lenca, enfatizando la relación entre el ambiente, asentamientos indígenas y evolución sociopolítica del valle.

Actualmente es un sitio clave para conocer la identidad hondureña, con entrada accesible y jardines coloniales que incluyen las primeras máquinas de imprenta del país.