La Iglesia de San Sebastián en Comayagua es una iglesia católica colonial construida en 1580 durante la época virreinal de Nueva España, siendo la tercera más antigua de Honduras después de La Merced y San Francisco. Fue erigida para la población indígena y negra de la zona sur, por lo que se ubica fuera del casco histórico colonial, a diferencia de las otras iglesias para españoles y criollos.

Historia
Inició su construcción en 1581 según archivos históricos, con una fachada original renacentista almenada que evolucionó con el tiempo. Alberga tumbas de figuras destacadas como el general José Trinidad Cabañas (fallecido en 1871), Matías Castillo y Fray Pedro Alejandro Martínez Castillo, tradición colonial que duró hasta el siglo XIX. En 1827 sirvió de cuartel a tropas guatemaltecas invasoras.

Arquitectura
Predomina el estilo barroco americano, con detalles sencillos en la fachada que reflejan su uso comunitario. Cuenta con una capilla mayor que conserva un retablo barroco magnífico, y frente a ella una pequeña plaza de reuniones desde el siglo XVIII. Destaca la escultura de Cristo tallada en madera del siglo XVI por Blas Meza, usada en procesiones de Semana Santa.

Actualmente funciona como Parroquia de los Santos Mártires, a cargo de la Orden de Frailes Menores, y es un tesoro histórico con tradiciones como la obra de teatro "Los Diablitos", que representa batallas entre moros y cristianos desde la colonia.